Sinds 1 augustus valt Govcert.nl niet langer onder het ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties, maar onder het ministerie van Veiligheid en Justitie. Deze verandering heeft geen gevolgen voor de huidige rollen en taken van Govcert.nl. Vanaf 1 januari 2012 vormt Govcert.nl een onderdeel van het Nationaal Cyber Security Centrum (NCSC) in oprichting. Het NCSC bestaat uit een samenwerking van publieke en private organisaties die zich richt op een integrale aanpak van cybersecurity.
