Skype is begonnen met het testen van 'end-to-end-encryptie' voor chatgesprekken, bestanden en audiofragmenten die via Skype worden verzonden. Zo moet het moeilijker worden om communicatie via Skype af te luisteren. WhatsApp voerde in 2016 vergelijkbare encryptie in. Momenteel is communicatie via Skype relatief eenvoudig te onderscheppen en in te zien.
Skype stelt dat het test met end-to-end-encryptie voor chatgesprekken, bestanden en audiofragmenten die via Skype worden verzonden in de bèta versie van Skype, waar een beperkte testgroep gebruik van kan maken. Als de bètatest succesvol verloopt, zal de end-to-end versleuteling ook in de normale versie van Skype verschijnen.
De versleuteling van Skype-berichten, -bestanden en audiofragmenten vindt plaats op basis van het Signal Protocol van Open Whisper Systems. Dit zou een betere en veiligere versleutelingsmethode zijn dan veel andere manieren van end-to-end encryptie. Deze versleuteling wordt ook gebruikt in de chat-app Signal.
