Apple heeft tijdens zijn eigen event niet alleen een nieuwe iPhone en iPad aangekondigd, maar heeft daarnaast de nieuwste versie van het iOS-besturingssysteem vrijgegeven. Versie 9.3 voegt verschillende algemene verbeteringen door en komt met enkele nieuwe functionaliteiten. Zo heeft Apple in deze versie van het besturingssysteem de nachtmodus Night Shift toegevoegd.
Night Shift is gekoppeld aan de klok van het Apple-toestel waarop iOS 9.3 wordt gebruikt. Hierdoor schakelt het scherm automatisch over op minder helderheid en een ander kleurenpalet, waarin minder blauw en meer oranje wordt gebruikt. Dit zou gebruikers moeten helpen om beter in slaap te vallen, ook als ze hun toestel gebruiken vlak voor het slapen gaan.
Andere toevoegingen zijn verbeteringen voor CarPlay, waarin onder meer Apple Music beter geïntegreerd is. Daarnaast is het mogelijk om verschillende gebruikersaccounts voor scholieren te maken, zodat iPads gemakkelijker gedeeld kunnen worden in het onderwijs. iOS-versie 9.3 is beschikbaar voor nieuwere iPhones (4s en verder) en nieuwere iPads (2 en verder).
